菠菜炭疽病主要危害菠菜的叶片和茎。叶片染病，初生淡黄色小斑，扩大后病斑呈椭圆形或不规则形，黄褐色，并具有轮纹，边缘水渍状，中央有黑色小点。天气干燥时，病斑干枯穿孔。发生严重时，病斑连接成块，使叶片枯黄。采种株染病，主要发生于茎部，病斑为纺锤形或梭形，病部组织逐渐干腐，造成上部茎叶折倒，在病斑上密生黑色轮纹状排列的小粒点，即病菌的分生孢子盘。
从无病留种株上采收种子、引进商品种子在播前进行种子包衣处理、实行轮作、加强栽培管理、收获后及时清除病株残体。发病初期还可以使用药剂进行防治，用药间隔期7-10天，连续防治2-3次。