辣椒枯萎病多发于秋天，同抗寒能力差有关。
发病初期，植株下部叶片大量脱落，与地面接触的茎基部皮层呈水浸状腐烂，地上部茎叶迅速凋萎；有时病部只在茎的一侧发展，形成一纵向条状坏死区，后期全株枯死。剖检病株地下部根系也呈水浸状软腐，皮层极易剥落，木质部变暗褐色至煤烟色。在湿度大的条件下病部常产生白色或蓝绿色的霉状物。辣椒叶枯病属于真菌类病害。病菌发育适温24～28℃，最高37℃，最低17℃。潮湿或水渍田易发病，特别雨后积水，发病严重，病程2周即现死株。
茎基部皮层出现水浸状腐烂，叶片凋萎并脱落，后期全株枯死。