辣椒脐腐病发生在落花部位的周围，主要为害果实。初出现暗绿色或深灰色水渍状病斑，后扩展为直径可达2-3cm的病斑。随着果实的发育，病部呈灰褐色或白色扁平凹陷状，病部一般由尖部向中部蔓延，可以扩大到半个果实。病果常提前变红，一般不腐烂。空气潮湿时病果常被某些真菌所腐生，即使腐烂也没有臭味。
辣椒脐腐病主要危害果实，一般在果实膨大期发病。初期果实出现暗绿色或深灰色水渍状病斑，后发展为直径可达2-3cm的病斑。随着果实的发育，病部呈灰褐色或白色扁平凹陷状，病部一般由尖部向中部蔓延，可以危害到半个果实。病果常提前变红，一般不腐烂。空气潮湿时病果会被某些真菌所腐生，即使腐烂也没有臭味。
辣椒脐腐病有落花落果由喑绿色深灰色病斑慢慢蔓延后变腐烂。
果实顶部(脐部)呈水浸状，病部暗绿色或深灰色，随病情发展很快变为暗褐色，果肉失水，顶部凹陷，一般不腐烂，空气潮湿时病果常被某些真菌所腐生。