苹果炭疽病主要为害果实，也可侵染枝干和果实。自病斑中心剖开果实，可见果肉自果面向果心呈漏斗状变褐腐烂。病组织带有苦味。
初期果面上出现淡褐色小斑点，逐渐扩大，呈褐色或深褐色，表面软腐下陷，果肉腐烂呈漏斗形，可烂至果心，具苦味，与好果肉界限明显。中期后表面形成小黑粒点，后变黑色，成同心轮纹状排列。后期严重时几个病斑连在一起，使全果腐烂、脱落。有的病果失水成黑色僵果挂在树上，经冬不落。
苹果炭疽病主要为害果实；也侵害枝梢和果台，但很少。果实发病初期呈现针头大淡褐色圆形斑点，边缘清晰，病斑迅速扩大后果肉软腐（果肉微苦，与好果肉易分辨），呈圆锥状深入果肉。以后病斑下陷，病斑表面呈现颜色深浅相间的轮纹。当病斑扩大到1-2厘米时，自病斑中心生出突起的小粒点，初为褐色，后变为黑色，呈同心轮纹状排列，逐渐向外扩展，此即病菌的分生孢子盘。当天气潮湿时，黑色粒点突破表皮，溢出粉红色粘液，即病原菌的分生孢子团。一个病斑可扩展到果面的1/3-1/2，并可烂至果心。病果上有一至多个病斑，病斑连片可使全果腐烂，造成果实脱落。果实若在深秋染病，病果腐烂失水干缩，变为黑色僵果，与好果区别明显，长期悬挂技头不落。若采收前病菌侵入果实，贮藏期继续发病。果台发病多自顶端向下蔓延，为害重时抽不出副梢，最后干枯死亡。枝干发病多在病虫枝、枯死枝及生长衰弱枝的基部，发病症状与果实近似，病斑表面同样产生黑色小粒点。后期病皮龟裂脱落，严重时病部以上枝条逐渐枯死。
主要危害果实，发病初期呈现针头大小的淡褐色圆形斑点，边缘清晰，病斑迅速扩大后果肉软腐，呈圆锥状深入果肉。