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大蒜病害主要有真菌性病害、细菌性病害、病毒和线虫四类。真菌性病害主要有叶枯病、叶斑病、锈病、灰霉病、白腐病、菌核病。细菌性病害有细菌性软腐病，病毒性病害有大蒜花叶病以及由线虫侵染引起的大蒜线虫病等。大蒜虫害主要有蒜蛆、蓟马、蚜虫、潜叶蝇、蛴螬和咖啡豆象等。
可以用微生物农药,以菌治菌,护根灵-强兴枯草芽孢杆菌,稀释之后做叶面喷施,几天就有效了。可以防治黄萎病,枯萎病,根腐病,无毒无害。
