大葱主要虫害有“”葱地种蝇（蒜蛆）、韭菜迟眼蕈蚊（韭蛆）、刺足根螨、蓟马、斑潜蝇等。防治方法：根蛆、根螨：主要通过播前土壤处理、药剂拌种、发生初期喷淋等进行防治，有效药剂有辛硫磷、毒死蜱等。蓟马：发生初期可用吡虫啉、辛硫磷、毒死蜱、高效氯氰菊酯等防治，注意轮换交替使用。斑潜蝇：当斑潜蝇产卵取食孔达20%以上时，应及时选择渗透比较好的杀卵剂杀灭斑潜蝇虫卵，可选择毒死蜱、吡虫啉、虫螨腈或甲氰菊酯等，注意轮换交替使用。
大蒜锈病是大蒜常见的病害之一，各菜区普遍发生，主要危害露地栽培的大蒜、大葱、香葱、洋葱等。早春低温、多雨或梅雨期间多雨或秋季多雾、多雨的年份发病重。发病严重时常造成叶片疱斑密布，直接影响蒜叶产量与品质，间接影响蒜头的产量。