西瓜枯萎病菌通过土壤、种子传播，厚垣孢子在土壤中存活10a以上，离开寄主的情况下也能存活5-6a。尖孢镰刀菌以菌丝、厚垣孢子、分生孢子和菌核在土壤或未腐熟的带菌肥料、病残株、种子和土壤中越冬，一般分布在0-25cm土层内，是翌年发病的初侵染源。
病菌主要以菌丝、厚垣孢子或菌核在未腐熟的有机肥或土壤中越冬，成为翌年主要侵染源，该菌在土壤中可存活6年。采种时可粘于种子上，致商品种子带菌率高，播种带病种子，发芽后病菌即侵入幼苗，成为次要侵染源。西瓜根的分泌物刺激病菌萌发，从根毛顶端或根部伤口侵入，进入维管束，在导管内发育，分泌毒素阻塞导管，干扰新陈代谢，致西瓜萎蔫、中毒枯死。