黄瓜枯萎病是通过土壤和种子传播的。
种子和有机肥带菌，是无病区初侵染源。在老病区土壤和肥料则是初侵染源。病菌侵入途径主要是自然裂口和根部伤口。病菌入侵后分泌果胶酶、纤维素酶等有毒物质，使瓜叶迅速萎蔫。地上部的重复侵染主要是通过灌溉水传染，地下部很少当年重复侵染。发病期，空气相对湿度90%以上，气温20-25或连续两天连阴雨，病势进展迅速。试验证明：秧苗老化、连作和过分干旱也是引起此病发生的条件。
黄瓜枯萎病的传播途径有土壤和种子带毒。
带病菌的土壤、种子都是传播途经。
病原菌属于真菌中的镰刀菌，在土壤栽培的情况下，在土中及病株残体上过冬。一般能存活5～6年。种子和粪肥均可带菌。病菌从幼根及茎部伤口侵入，到维管束内繁殖蔓延。另外，灌溉、雨水和昆虫都能传播。
播种带菌的种子，苗期即发病。地上部的重复侵染主要通过整枝或绑蔓引起的伤口侵入。
病菌随种子、土壤、肥料、灌溉水、昆虫、农具等传播。
病菌以菌丝体、菌核和厚垣孢子在土壤、病残体和种子上越冬，成为第二年的初侵染源。病菌在土壤中可存活5～6年或更长的时间，病菌随种子、土壤、肥料、灌溉水、昆虫、农具等传播，通过根部伤口和根毛顶部细胞间隙侵入，在维管束内繁殖，并向上扩展，堵塞导管，产生毒素使细胞致死，植株萎蔫枯死。
病菌可以通过土壤，中午浇水，昆虫等传染。