辣椒枯萎病比较难治，主要采取清理病株法消除传染源。
茄科植物忌重茬，一次性施入肥料过多等易造成枯萎。
在植株缓苗期和初开花结果期用500倍液沿茎基部进行灌根，7天左右用药1次，每个时期连用2—3次。治疗：300倍液+15-20ml对严重病株及病株周围2—3米内区域植株沿茎基部进行小区域灌根，连灌2次，两次间隔1天，根据病情第2次用药后间隔3—5天再巩固用药1次；其余可采用500倍液进行穴灌预防1-2次，间隔3-5天。
土壤杀菌，杀菌剂喷雾灌根，不要大水满灌。
应选择倒茬、轮作，避免连续重茬。做好土壤消毒杀菌。
辣椒枯萎病是土传病害，从辣椒根系侵入，首先拔出病株集中销毁，然后打药在根部进行土壤消毒。
轮作换茬最重要，抗病品种很关键，噁霉灵土壤杀菌在其次。