辣椒病毒病会导致减产，因此要注意防治。在种植中应加强水肥管理，促进植株健壮，并及时防治蚜虫。如果出现病情，可以喷施毗虫搭配菌毒·吗啡肌水剂等药剂进行防治，隔7天一次，连续用药3至4次。
选择品种选择种植地合理密植加强水肥管理及时防治用药防治。
选择抗性强品种，合理密植，做好水肥管理工作，定期施肥施药。
辣椒病毒病综合预防为主，遴选培育优质品种，及时移栽，合理密植，适时追肥、浇水、除草等，科学管理，预防病虫害。
辣椒疫病是一种毁灭性病害，应采用综合防治方法。（1）选用抗病品种。辣椒较抗病，甜椒较感病。
（1）选用抗病品种。辣椒较抗病，甜椒较感病。如洛椒系列品种，均表现较强的抗病性。（2）合理轮作。与非瓜类，茄果类蔬菜实行2年以上轮作。（3）加强栽培管理。（4）药剂防治。药剂防治的关键是在雨季来临之前5～7天开始用药；喷雾与灌根相结合。一般宜在定植前用25%瑞毒霉或75%甲霜灵800液，5～7天灌一次根。定植后，发病初期可用64%杀毒矾可湿粉剂500倍液喷雾、800倍液灌根；77%可杀得可湿性粉剂500倍液喷雾、800倍液灌根；58%甲霜灵锰锌500倍液喷雾、800倍液灌根。每隔7～10天喷一次，连续2～3次，严重时每隔5天喷一次，连续3～4次。不同药剂可以交替使用，以达到较好的防治效果。
选择抗病品种，合理轮作，加强栽培管理采取药物防治，一般在定苗前用25%瑞毒霉或75%甲霜灵800倍液，7天罐一次根。
选择抗病品种，合理轮作，用甲霜灵罐根。
选用无病种子，高垄栽培，也可用25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液防治。