盲肠显著肿大，外观呈暗红色，浆膜面可见有针尖大至小米粒大小的白色斑点和小红点，肠内容物充满血液或凝固的血凝块，盲肠黏膜增厚，有许多出血斑和坏死灶。
病鸡消瘦，鸡冠与粘膜苍白，内脏变化主要发生在肠管，病变部位和程度与球虫的种别有关。急性小肠球虫肠管粗有密集出血点柔嫩艾美耳球虫主要侵害盲肠，两支盲肠显著肿大，盲肠上皮变厚，有严重的糜烂。毒害艾美耳球虫损害小肠中段，使肠壁扩张、增厚，有严重的坏死。巨型艾美耳球虫损害小肠中段，可使肠管扩张，肠壁增厚；内容物粘稠，呈淡灰色、淡褐色或淡红色。堆型艾美耳球虫多在上皮表层发育，并且同一发育阶段的虫体常聚集在一起，在被损害的肠段出现大量淡白色斑点。哈氏艾美耳球虫损害小肠前段，肠壁上出现大头针头大小的出血点，粘膜有严重的出血。若多种球虫混合感染，则肠管粗大，肠粘膜上有大量的出血点，肠管中有大量的带有脱落的肠上皮细胞的紫黑色血液。
鸡球虫病病初羽毛竖立，缩颈，呆立，以后由于肠上皮细胞的大量破坏和机体中毒，病情转重，出现腹泻带血等症状，死亡率高。
病鸡消瘦，鸡冠与粘膜苍白，内脏变化主要发生在肠管，病变部位和程度与球虫的种别有关。急性小肠球虫肠管粗有密集出血点。柔嫩艾美耳球虫主要侵害盲肠，两支盲肠显著肿大，可为正常的3～5倍，肠腔中充满凝固的或新鲜的暗红色血液，盲肠上皮变厚，有严重的糜烂。毒害艾美耳球虫损害小肠中段，使肠壁扩张、增厚，有严重的坏死。在裂殖体繁殖的部位，有明显的淡白色斑点，粘膜上有许多小出血点。肠管中有凝固的血液或有葫萝卜色胶冻状的内容物。巨型艾美耳球虫损害小肠中段，可使肠管扩张，肠壁增厚；内容物粘稠，呈淡灰色、淡褐色或淡红色。堆型艾美耳球虫多在上皮表层发育，并且同一发育阶段的虫体常聚集在一起，在被损害的肠段出现大量淡白色斑点。哈氏艾美耳球虫损害小肠前段，肠壁上出现大头针头大小的出血点，粘膜有严重的出血。若多种球虫混合感染，则肠管粗大，肠粘膜上有大量的出血点，肠管中有大量的带有脱落的肠上皮细胞的紫黑色血液。
柔嫩艾美耳球虫主要侵害盲肠，两支盲肠显著肿大，可为正常的3～5倍，肠腔中充满凝固的或新鲜的暗红色血液，盲肠上皮变厚，有严重的糜烂。毒害艾美耳球虫损害小肠中段，使肠壁扩张、增厚，有严重的坏死。在裂殖体繁殖的部位，有明显的淡白色斑点，粘膜上有许多小出血点。肠管中有凝固的血液或有葫萝卜色胶冻状的内容物。巨型艾美耳球虫损害小肠中段，可使肠管扩张，肠壁增厚；内容物粘稠，呈淡灰色、淡褐色或淡红色。堆型艾美耳球虫多在上皮表层发育，并且同一发育阶段的虫体常聚集在一起，在被损害的肠段出现大量淡白色斑点。哈氏艾美耳球虫损害小肠前段，肠壁上出现大头针头大小的出血点，粘膜有严重的出血。若多种球虫混合感染，则肠管粗大，肠粘膜上有大量的出血点，肠管中有大量的带有脱落的肠上皮细胞的紫黑色血液。
鸡冠与粘膜苍白，内脏变化主要发生在肠管，病变部位和程度与球虫的种别有关。急性小肠球虫肠管粗有密集出血点。柔嫩艾美耳球虫主要侵害盲肠，两支盲肠显著肿大，可为正常的3～5倍，肠腔中充满凝固的或新鲜的暗红色血液，盲肠上皮变厚，有严重的糜烂。毒害艾美耳球虫损害小肠中段，使肠壁扩张、增厚，有严重的坏死。在裂殖体繁殖的部位，有明显的淡白色斑点，粘膜上有许多小出血点。肠管中有凝固的血液或有葫萝卜色胶冻状的内容物。巨型艾美耳球虫损害小肠中段，可使肠管扩张，肠壁增厚；内容物粘稠，呈淡灰色、淡褐色或淡红色。堆型艾美耳球虫多在上皮表层发育，并且同一发育阶段的虫体常聚集在一起，在被损害的肠段出现大量淡白色斑点。哈氏艾美耳球虫损害小肠前段，肠壁上出现大头针头大小的出血点，粘膜有严重的出血。若多种球虫混合感染，则肠管粗大，肠粘膜上有大量的出血点，肠管中有大量的带有脱落的肠上皮细胞的紫黑色血液。