牛口蹄疫主要引起牛的口蹄部位的病理变化。病毒入侵后，首先侵害牛的口腔黏膜和舌头。患牛常表现为口腔溃疡和糜烂，牙龈肿胀和出血。随着病情的进展，溃疡和糜烂会扩展到舌头、口腔壁和喉部。
牛口蹄疫还会导致牛的蹄部发生病变。牛的蹄背角质层会变薄，蹄壁会出现裂纹和溃疡。同时，蹄间隙和蹄底也会受到感染，形成溃疡。这些病变使得牛对蹄部的触碰变得非常痛苦，并导致跛行和站立困难。
除了口蹄部位的病理变化，牛口蹄疫还会引发全身症状。感染牛常表现出食欲不振、发烧、精神萎靡、乳汁减少等症状。部分患牛还会出现腹泻和呼吸困难等病症。牛口蹄疫病理变化的程度和严重程度与病毒株的毒力有关，也与牛只的免疫状态有关。