小麦赤霉病发病原因:由真菌引起，主要对麦穗产生危害。由于小麦对赤霉病的抗性水平较低，受环境影响比较大，目前生产上推广的小麦品种都难以抵抗病菌的侵染危害。
田间赤霉病的病菌，一种真菌，在温暖湿润的条件下萌发，随气流入侵到正在开花授粉的小麦颖壳内，随小麦籽粒灌浆不断繁殖，将麦粒变成病粒。发病原因，田间要有病菌，包括播种了病种，或前一年病菌残留田间，二是小麦抽穂开花期多雨潮湿，三是偏施氮肥密度过大小麦过份嫩绿不抗病，四是种植不抗病的小麦品种。
抽穗是否整齐、植株高矮、齐穗时间的长短、浆速度快慢及花药残存灌时问长短等都有一定关系。氮肥使用过量，可加重病害。田间地势低洼，也排水不良，土壤偏黏及密度过大，也容易发病。
小麦赤霉病流行与栽培管理和种植方式也有密切关系，地势低洼，土质瓤重，排水不良，造成麦田湿度高，降低小麦根系呼吸和抗病能力。玉米小麦轮作地，翻耕不深，玉米秆大量还田和带菌残渣为小麦生长后期赤霉病流行提供大量菌源。
开花灌浆阶段闷热、连续降雨、潮湿多雾的天气，发病重。迟熟、不耐肥的品种，发病重。田间病残体数量大，带菌量高的地块，发病重。地势低洼，排水不良，土素质黏重，偏施氮肥，田间潮湿郁闭，发病重。
小麦赤霉病的发生流行还与水分、土壤、种植密度、品种抗性、施肥有关。小麦抽穗扬花期间若遇连续高温高湿，多雨，多雾的天气时，。如果种植密度多大，小麦品种抗病害能力弱，水肥不合理，土壤透气性差，都会导致小麦赤霉病的发生。
春季气温7℃以上，土壤含水量大于50%形成子囊壳，气温高于12℃形成子囊孢子。在降雨或空气潮湿的情况下，子囊孢子成熟并散落在花药上，经花丝侵染小穗发病。迟熟、颖壳较厚、不耐肥品种发病较重；田间病残体菌量大发病重；地势低洼、排水不良、粘重土壤，偏施氮肥、密度大，田间郁闭发病重。
小麦赤霉病的流行与气象因素密切相关，病菌发育适宜的温度为24-28℃，8℃，32℃。相对湿度80%-时发育，子囊壳和子囊抱子形成的适温度为20-25℃，分生抱子产生速度快的气温为25℃。一般来说，小麦抽穗后的温度条件都是满足病原菌发育生长的，流行的关键是阴雨天气，小麦赤霉病流行的品种因素也很重要。
小麦赤霉病发生原因是:春季气温7℃以上，土壤含水量大于50%形成子囊壳，气温高于12℃形成子囊孢子。在降雨或空气潮湿的情况下，子囊孢子成熟并散落在花药上，经花丝侵染小穗发病。迟熟、颖壳较厚、不耐肥品种发病较重；田间病残体菌量大发病重；地势低洼、排水不良、粘重土壤，偏施氮肥、密度大，田间郁闭发病重。
病原菌主要以菌丝体在寄住病残体上或种子上越夏、越冬，也可在土壤中营腐生生活而越冬。春天，在病残体上形成子囊壳，条件适宜时子囊壳释放子囊孢子，借气流、风雨传播，溅落在花器凋萎的花药上萌发，先营腐生生活，然后侵染小穗，几天后产生大量粉红色霉层，经风雨传播引起再侵染。