发病初期，病斑小，略凹陷，后逐渐变大，椭圆形或梭形，褐色到紫色。潮湿时病斑上生黑色霉层，并有同心轮纹，病部易折断。
大葱紫斑病是由半知菌亚门，链格孢属真菌侵染致病。病菌以菌丝体在寄主上或随病残体在田间越冬，下一年温、湿度适宜时，产生分生孢子，成为初侵染源，借风雨传播，由气孔、伤口或直接侵入，发病后在病部产生的分生孢子又借风雨传播进行重复再侵染。该病发生适温为25～27摄氏度，低于12摄氏度则不发病，在初夏及秋季多雨年份，8～9月份温暖潮湿发病较重。此外，连作地，肥水不足，管理粗放，植株生长衰弱，以及葱蓟马为害重的地块，发病也较重。
大葱和洋葱上的病斑紫褐色，大蒜病斑黄褐色，湿度大时布满黑褐色霉状物，轮纹状排列，重病株叶和花梗枯死。
病害症状该病主要侵害叶片和花梗，多从叶尖和花梗中部发病，偶可危害鳞茎。发病初期，呈水渍状白色小点，病斑小，略凹陷，后病斑逐渐扩大，变为淡褐色圆形或纺锤形稍凹陷斑，继续扩大呈褐色或暗紫色。湿度大时病部长满深褐色或黑灰色霉粉状物，常排列成同心轮纹状。病斑继续扩展，数个病斑交接形成长条形大斑，使叶片和花梗枯死或折断。种株花梗受害后，常造成种子皱缩，不能充分成熟而影响采种。大葱和洋葱上的病斑紫褐色，大蒜病斑黄褐色。