主要为害叶片，也可侵染茎、荚和种子。带病种子长出的幼苗的子叶上，可现半圆形或圆形深褐色稍下陷的病斑，天气干旱时病斑停止发展，低温多雨时，病斑可，继续蔓延至生长点，导致幼苗枯死。在成株叶片上病斑多呈圆形，或不规则形，直径1～5mm，边缘褐色，中部灰色或灰褐色。病斑背面密生灰色霉层，严重时病斑遍布整个叶片，互相合并，使病叶干枯早落。茎上病斑纺锤形，边缘深褐色或黑色，中部为黑灰色稍凹陷。荚上病斑亦为圆形或椭圆形，稍下陷，颜色与叶斑相似，因豆荚表面多毛，故肉眼常不易见到霉层。种子上的病斑圆形，灰褐色，边缘深褐，轻病籽粒仅现褐色不规则小点。
大豆灰斑病对大豆叶、茎、荚、籽实均能造成危害，以叶片和籽实最重。子叶上病斑圆形、半圆形或椭圆形，深褐色，略凹陷。叶片上病斑多为圆形、椭圆形或不规则形，病斑中央灰白色，周围红褐色，与健部分界清晰。