辣椒防治疫病，应进行轮作，并做好土壤消毒，合理使用植株生长剂，提高抗病力。在发病后采用乙磷铝锰锌或瑞毒霉、乙磷铝、百菌清、甲霜灵锰锌等药剂进行喷施，并注意交替用药，加强药效。
育苗做好种子消毒，栽种的地块最好在年前翻犁经过凝冻，并做好土地消毒，移栽后加强管理，做好药物预防。
辣椒疫病较难防治。防治办法，还是预防为主，综合防治！控制湿度，防沤根。提高温度。另加药物防治！
发病初期及时拔除病苗，用药剂处理。用40％乙磷铝可湿性粉剂250倍，75％百菌清可湿性粉剂600倍，21％瑞毒霉可湿性粉剂800倍，72.7%普力克水剂600-800倍、64％的杀毒矶可湿性粉剂500倍等药剂，任选—种，交替喷洒，每5-7天喷一次，连喷2-3次。
土壤消毒实行轮作发病后喷施甲霜灵锰锌等药进行防治。
（1）选用抗病品种。辣椒较抗病，甜椒较感病。如洛椒系列品种，均表现较强的抗病性。（2）合理轮作。与非瓜类，茄果类蔬菜实行2年以上轮作。（3）加强栽培管理。
实行轮作、深翻改土，结合深翻，增施有机肥料、磷钾肥和微肥，改善土壤结构，提高保肥保水性能，促进根系发育，植株健壮。
早期以预防为主，可以选用优良的抗病性好的品种辣椒，比如茂丰五号，茂椒四号，新丰9919，中椒11灯等。在播种前需要做好种子消毒处理，放在清水中浸泡四个小时，再用磷酸三钠溶液浸泡三十分钟，最后用高锰酸钾溶液浸泡十五分钟，用清水冲洗干净就可以播种了。移栽时减少损伤根系，可以提高植株抗病害能力。同时做好田间除草工作和肥水管理，提高植株适应性和抗逆性，发现病害植株及时处理。
（1）选用抗病品种。辣椒较抗病，甜椒较感病。如洛椒系列品种，均表现较强的抗病性。（2）合理轮作。与非瓜类，茄果类蔬菜实行2年以上轮作。（3）加强栽培管理。采用地膜覆盖，深沟高畦，严防菜地积水，并控制浇水；注意田园整洁，及时拨除病株，集中烧毁或深埋，以减少再侵染菌源。加强通风，降低湿度。（4）药剂防治。药剂防治的关键是在雨季来临之前5～7天开始用药；喷雾与灌根相结合。一般宜在定植前用25%瑞毒霉或75%甲霜灵800液，5～7天灌一次根。
加强田间管理，选择适宜的杀虫杀菌剂。