1、幼苗带菌。辣椒本身根系较浅，不同于番茄和黄瓜的根系，所以在育苗时应该以养根为主，如果苗床没有做好消毒工作，那么苗期就会出现旺长现象。如果在引苗时待病菌，辣椒幼苗成活率必然很低，所以在引苗时不能只看品，还需观察幼苗发育情况。2、土壤盐害。农户长期使用化肥，造成有机质含量过低，土壤透气性较差，而土壤板结也是造成辣椒苗期成活率低的原因之一。而有些农户使用的农家肥未完全腐熟就施入，或者是过量使用氮肥，土壤盐渍程度严重，造成幼苗成活率低。
死棵的原因是弱苗或者温度过高引起的。
移栽苗太大或带病，土壤处理不好，田管不到位。
弱苗，地温过高，或水糟根引起的。
土壤和根系带菌，有机肥料过低。