沼气发酵原料经过沼气池的厌氧发酵，不仅含有极其丰富的植物所需的多种营养元素和大量的微生物代谢产物，而且含有抑菌和提高植物抗逆性的激素、抗菌素等有益物质，可用于防治植物病虫害和提高植物抗逆性。沼液是有机物质厌氧发酵的副产物，是一种溶肥性质的液体，不仅含有较丰富的可溶性无机盐类，还含有厌氧发酵的生化产物，具有营养、抑菌、刺激、抗逆等功效。
1、防治农作物虫害
（1）防治农作物蚜虫。用沼液喷施小麦、豆类、蔬菜、棉花、果树等，可防治蚜虫侵害，施用方法如下：①按沼液28公斤，洗衣粉溶液1kg（溶液按洗衣粉和清水0.1:1比例配制），配制成沼液复方治虫剂，用喷雾器喷施。②每公顷一次喷施525kg，第二天再喷施一次。③喷施时间最好选择晴天的上午进行。
生产实践表明，用产气好的沼液防治蔬菜和果树蚜虫、菜青虫，喷施一次，防治率为70%左右，喷施两次可达96%以上。
（2）防治玉米螟幼虫。玉米螟幼虫是春玉米、夏玉米的主要虫害。常规是用药液浇洒于玉米心叶防治。用农药与沼液混合浇玉米心叶，可取得防虫、施肥双重效果。具体做法是：在螟虫孵化盛期，每公顷用沼液750公斤，加2.5%敌杀死乳油150毫升配成药液。使用时将喷雾器喷头朝下浇心施药。施药6天和11天后观察，用加入敌杀死药的沼液与单独用药液防治效果完全相同，没有出现玉米蟆幼虫为害。此外，还发现用沼液浸种、浇心叶后的玉米，叶色稍深，长势旺盛。
（3）防治果树红蜘蛛。在苹果、柑橘等果树生长期间，用沼液原液或添加少量农药喷施果树，可防治果树蚜虫，红、黄蜘蛛，蹒、蚧等虫害；用沼液涂刷病树体，可防治苹果树腐烂病；沼液灌根，可防治根腐病、黄叶病、小叶病等生理性病害。沼液原液喷施果树，对红蜘蛛成虫杀灭率为91.5%，虫卵杀灭率为86%，黄蜘蛛杀灭率为56.5%;沼液加1/3水稀释，红蜘蛛成虫杀灭率为82%，虫卵杀灭率为84%，黄蜘蛛为25.3%，所以沼液浓度越高，杀虫效果越好。用沼液喷施果树时，加入1/2000～1/1000的氧化乐果，或1/3000～1/1000的灭扫利，杀虫、杀卵效果非常显著，成虫和虫卵杀灭率可达100%，而且药效期可持续30天以上。
在整个果树生长期内均可喷施沼液。喷施时间根据气温高低决定，气温高于25°C时，宜在下午5时后喷施，气温低于25°C以下时，可在露水干后全天喷施。使用前应先将沼液从正常产气使用2个月以上的沼气池水压间内取出，用纱布过滤，存放2小时左右，然后再用喷雾器喷施。喷施时重点喷在叶片的背面，因为叶子表面角质层较厚，喷施后不易被吸收利用。
在喷施沼液时，根据树冠大小和树体营养状况，补充有益元素和养分效果更好。对于上年结果多、树势弱的果树，因树体养分不足，可在沼液中加入0.1%的尿素。对幼龄树和结果少、长势弱的树，应在沼液中加入O.2%～0.5%的磷钾肥，以利花芽的形成。
根据果树不同生长季节进行喷药保护，柑桔石蝇一般可选用5%红糖液+5%甜酒酿+5%醋+5%酒+90%晶体敌百虫500倍水溶液或用氯氰菊脂1000倍液全园喷杀；红蜘蛛一般可选用晶体石硫合剂250～400倍液或用20％速螨酮2000～3000倍液；蚧壳虫一般可选用16%的蚧休乳剂1000—1500倍液；蚜虫一般可选用10%吡虫啉（仟红）可湿性粉剂2000—2500倍液。
2、防治农作物病害
科学实验和大田生产证明，沼液及用沼液制备的生化剂可以防治作物的土传病、根腐病和赤霉病。
赤霉病是小麦生产中的主要病害之一，其发病率高，流行面大。沼液防治小麦赤霉病试验结果表明：正常发酵产气的沼气池的沼液对小麦赤霉病有明显的防治效果，其作用和生产上所用的多菌灵效果相当；使用沼液原液喷施效果最佳，使用量以每公顷喷750kg以上效果最好，盛花期喷一次，隔3~5天再喷一次，防治率可达81.53%。
此外，沼液对棉花的枯萎病和炭症病、马铃薯枯萎病、小麦根腐病、水稻小球菌核病和纹枯病、玉米的大小斑病以及果树根腐病也有较强的抑制和灭杀作用。
3、提高农作物抗逆性
沼液中富含多种水溶性养分，用于农作物浸种、叶面喷施和灌根等，吸收率高，收效快，一昼夜内叶片可吸收施用量的80%以上，能够及时补充作物生长期的养分需要，强健植株机体，增强抵御病虫害和严寒、干旱的能力。
试验证实，用沼液原液或50%稀释液进行水稻浸种，可提高低温胁迫下秧苗素质和秧苗存活率，减轻低温胁迫对原生质的伤害，保持细胞完整性，提高根系活力，从而增强秧苗抗御低温的能力。用沼液对果树灌根，对及时抢救受冻害或其他灾害引起的树势衰弱有明显效果，用沼液长期喷施果树叶片，可防治小叶病和黄叶病，使叶片肥大，色泽浓绿，增强光合作用，有利于花芽的形成和分化。花期喷施能提高坐果率，果实生长期喷施，可使果实肥大，提高产量和水果质量。
在干旱时期，对农作物喷施沼液，可引起叶片气孔关闭，从而起到抗旱的作用。