防治方法防治芝麻疫病，一定要选用抗病品种；种植时，采用高畦栽培的方法，并且雨后要及时排水，防止湿气滞留；实行轮作制度；在环境允许的条件下，适当的提高芝麻的种植密度，但是也不可过密；发病初期要及时喷洒58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液或75%百菌清可湿性粉剂600倍液、50%甲霜铜可湿性粉剂500倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂400倍液、72%杜邦克露可湿性粉剂800~900倍液，对上述杀菌剂产生抗药性的地区，可改用69%安克锰锌可湿性粉剂1000倍液。及时的喷洒药物，能够有效地控制病情扩展。
种子处理用五氯硝基苯加福美双拌种（1:1），用药量占种子重量的0.5-1%；或用0.5%硫酸铜溶液浸种0.5小时。发病初期喷1:1:100倍式波尔多液，或25%甲霜灵500倍液，或58%甲霜灵锰锌600倍液，或75%百菌清600倍液，或69%安克锰锌1000倍液，连续2-3次。
防治芝麻疫病一定要选用抗病品种。