(1)选用无病种子，并用53～55℃温汤浸种10分钟，杀灭种子上菌丝。(2)实行轮作。(3)收获后及时清洁田园，清除病残体，适时深翻土地。(4)在开花前初发病时喷洒杀菌剂，用药种类参见芝麻叶枯病。
在芝麻叶斑病发病初期喷洒25%嘧菌酯悬浮剂1500倍液、或70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液、或25%戊唑醇可湿性粉剂1200倍液，或50％苯菌灵可湿性粉剂1500倍液。每隔7～10天喷1次，共喷2～3次。
科学使用药剂防治。发病初期喷洒1：2：200倍的波尔多液，以后可喷50％多菌灵可湿性粉剂1000倍液或50％苯来特可湿性粉剂1000至1500倍液。重病区在苗木出圃时要用1000倍的高锰酸钾溶液浸泡消毒。