小麦纹枯病是真菌侵染，土壤雨水气流传播，综合。
在小麦纹枯病发病初期用农药控制。
小麦纹枯病主要采用化学防治与农业措施相结合的综合防治方法，播种时要选择抗病性较好的品种，不可将单一抗原品种进行大面积种植，播种前可用咯菌腈悬浮剂、戊唑醇悬浮拌种剂、粉锈宁可湿性粉剂等药剂进行拌种。
选用抗病品种，春季发病用井岗霉素防治效果好，中后期可以结合一喷三防进行防治。
选用抗病、耐病品种，采用配方施肥技术。避免早播，适当降低播种量，播种前药剂拌种。翌年春季冬、春小麦拔节期，亩用有效成分井冈霉素10克防治。
选抗病品种，合理轮作，加强田间管理，发现病株及时清除，可用药井冈霉素等防治。
小麦纹枯病初期用一般农药进行控制。
小麦纹枯病最好的防治方法是种子包衣。发病初期防治药剂可用：苯甲.丙环唑、氟环唑、苯甲.嘧菌酯、氟硅唑、噻呋酰胺、苯醚甲环唑等喷施2-3次。
（1）播种前或收获后，清除田间及四周杂草和农作物病残体，集中烧毁或沤肥；深翻地灭茬，促使病残体分解，减少病原和虫原。（2）和非本科作物轮作，水旱轮作最好。（3）选用抗病品种，选用无病、包衣的种子，如未包衣则种子须用拌种剂或浸种剂灭菌。（4）播种后用药土覆盖，易发病地区，在幼苗封行前喷施一次除虫灭菌剂，这是防病的关键。
可以喷洒氟硅唑、苯醚甲环唑等药物防治。