防治小麦锈病用多菌灵、粉绣宁交替使用效果明显。大田防治，在秋季和早春，田间发现病中心，及时进行喷药控制。如果病叶率达到5%，严重度在10%以下，每亩用15%粉锈宁可湿性粉剂50克或20%粉锈宁乳油每亩40毫升，或25%粉锈宁可湿性粉剂每亩30克，或12.5%速保利可湿性粉剂每亩用药15～30克，对水50～70公斤喷雾，或兑水10～15公斤进行低容量喷雾。在病害流行年如果病叶率在25%以上，严重度超过10%，就要加大用药量，视病情严重程度，用以上药量的2-4倍浓度喷雾。
选用抗病品种，实行种子包衣或药剂拌种，加强肥水管理，加强监测，发现一点防治一片。
通过加强田间管理和化学防治防治锈病。
小麦锈病可以喷打粉锈宁，烯唑醇，丙环唑。
防治小麦秆锈病应选用抗病品种，加强田间管理，并在发病后选用化学药剂进行防治，比如速保利可湿性粉剂等。
小麦锈病的防治应遵循“预防为主、综合防治”的方针，坚持“公共植保，绿色植保”的理念，防控策略从依赖化学防治向综合防治和绿色防控转变，防控方式由传统的分散防治向专业化统防统治转变。防治小麦锈病不仅要严密监测病害的发生信息，还要做到科学种植、科学使用药剂，另外还可以通过宣传帮助更多的人了解这种病害的防治方法，为小麦产量提供保障。