根腐病是马足莲的常见病之一，得了根腐病的马蹄莲一般有如下表现：植株下部或外层叶片变成褐色并枯萎，随着时间的推移，病害不断向内层叶片蔓延。，已开放的花朵，其顶端逐渐变成褐色，有时候这种褐色可能一直发展到马蹄莲的叶柄和花梗，造成花朵畸形，非常难看。如果将病株拔起，可以看见很多根系已经腐烂，剩下的根也会呈水渍状，仅留下表皮，大部分甚至全部根系呈中空管状。以后病害还会从吸收根逐渐向根状茎蔓延，最后根状茎呈海绵状干腐。
马蹄莲根腐病的防治措施：
一、根状茎消毒。得了根腐病的植株，必须彻底切除根状茎上的病斑，并放于阴凉处，待稍干燥后，再用温水浸泡1小时，或用1%过乙酸溶液浸泡10分钟，然后重新栽种。养殖实践表明，经过这样消毒处理的根状茎比未经处理的开始生长较慢，但以后会更健康。
二、注意土壤消毒。对栽植过马足莲病株的盆土，病土和盆钵都要进行高温灭菌，方能再用。如不方便高温杀毒，也可用70%土菌消可湿性粉剂配成药液喷洒土。效果也不错。