马蹄莲的虫害有蓟马、介壳虫、红蜘蛛、卷叶虫和夜蛾等。薊马可以用2.5%的溴氰菊酯乳油4000倍液喷杀，红蜘蛛、介壳虫等可用40%的氧化乐果或50%的乙酯杀蟥醇1000倍液喷杀。
1、根腐病
症状：主要侵害马蹄莲的地下部分，在马蹄莲整个生长期都有不同程度的发生。主要表现为初期植株基部叶片出现淡黄色条纹，根系发生腐烂;后期叶片褐变死亡，病根皮层剥离，须根少，最后整个植株死亡。
防治方法：严格进行土壤消毒，栽苗前20天用福尔马林50mL/m2加水3kg，均匀浇于挖好打细的大棚土上，用塑料薄膜覆盖5～7天，然后揭开薄膜，待药液充分挥发后作畦栽培。大棚栽培时在大棚周围挖深沟，以降低地下水位，可减轻马蹄莲根腐病的发病。发病初期，以50%福美双可湿性粉剂+切欣特，或30%蓝金喷施，有一定疗效。
2、叶霉病
症状：叶霉病主要为害马蹄莲的叶片，病斑多发生在叶尖和叶缘处。首先由叶尖、叶缘开始失绿变黄，随后逐渐沿叶脉蔓延，并形成不规则大斑。病害发展到后期，病叶背部产生墨绿色霉层。
防治方法：①提高植株抗病能力。由于病原是弱寄生菌，当植株生长衰弱时易被侵染。因此，必须加强管理，注意卫生，及时拔除杂草，精心排灌，合理施肥，促进植株健壮生长，提高抗病力，是防治此病的重要措施。②药剂防治可选用l0%世高水分散粒剂1500倍液或50%利霉康可湿性粉剂600倍液、40%福星4000～6000倍液均匀喷雾。注意交替用药。
3、病毒病
症状：典型花叶往往是较后期的症状。叶片或绿色的茎出现各种类型的褪绿或变色，在绿色中形成淡绿或淡黄、深黄的斑区或条纹。花叶之前，常可见叶脉变色，即沿着叶脉变成淡绿或黄色，变色区宽度大致相等，像叶脉镶了边;或脉明，即叶片局部叶脉呈半透明，而代之以花叶。还有一种较轻的斑驳，叶片或绿色茎上出现浓淡不匀的近圆形斑区，其中小的斑区似点状，大的为明显的圆形褪绿斑。叶片缩小，扭曲畸形。小花梗上出现白点，花蕾上也出现斑点，花朵畸形，严重影响花的产量和质量。
防治方法：
①及时拔除病株，集中烧毁。清除田间杂草，避免和严重发生相同病毒植物混种或临近种植。
②防治害虫。控制传播途径，比如及时防治桃蚜、蓟马等。
③选择无病种苗。采用茎尖组织培养法获得无毒种苗。
④药剂防治。发病初期，喷施10%混合脂肪酸水乳剂100倍液或24%混脂酸铜水剂700～800倍液、2%宁南霉素水剂500倍液、0.5%菇类蛋白多糖水剂300倍液、20%吗啉胍·乙铜(病毒A)可湿性粉剂500倍液。