定义不同：百花蜜是蜜蜂收集多种植物花蜜制成的混合蜂蜜，而蜂巢蜜是蜜蜂完全酿制成熟的蜜脾。
状态不同：百花蜜多为粘稠液体，蜂巢蜜则是蜜脾。
成分不同：百花蜜的主要成分是葡萄糖和果糖，蜂巢蜜的主要成分是蜂蜜和蜂蜡。
功效不同：蜂巢蜜的功效更多。
价格不同：蜂巢蜜的价格比百花蜜更高一些。
一、定义不同
百花蜜和蜂巢蜜在定义上完全不同，其中百花蜜是蜜蜂收集多种植物花蜜制成的混合蜂蜜，而蜂巢蜜是蜜蜂完全酿制成熟，并且连脾带蜂蜜一起食用的蜜脾，另外若百花蜜连巢带蜜一起食用时也可将其称作蜂巢蜜。
二、状态不同
百花蜜和蜂巢蜜在状态上有很大差异，其中百花蜜为分离蜜且多为琥珀色的粘稠液体，蜂巢蜜则是蜜蜂完全酿制成熟而且封盖的蜜脾，简单来说，蜂巢蜜中既有液态的成熟蜂蜜，也有用蜜蜂用蜂蜡筑成并且封盖的蜂巢脾。
三、成分不同
百花蜜和蜂巢蜜在成分上完全不同，其中百花蜜的主要成分是葡萄糖和果糖，尚含有少量蔗糖、氨基酸、维生素和矿物质等，蜂巢蜜的主要成分是蜂蜜和蜂蜡，还含有少量蜂胶、蜂王浆、蜂花粉等蜂产品。
四、功效不同
百花蜜和蜂巢蜜在效果上大不相同，其中百花蜜的效果主要表现在增强体质、润肠通便、缓解疲劳等方面，蜂巢蜜除了百花蜜的一切效果外，还有蜂蜡、蜂胶、蜂王浆、蜂花粉等几乎所有蜂产品的效果。
五、价格不同
百花蜜和蜂巢蜜在价格上差异明显，其中百花蜜一般为40~60元每斤，但中蜂采集山野百花酿制成的土蜂蜜多为100~300元每斤，而蜂巢蜜一般为80~300元每斤，特别是中蜂生产的蜂巢蜜比土蜂蜜还要贵一些。