来源不同：生产蜂巢素的材料是蜂巢脾，而蜂巢蜜是蜂巢完全酿制成熟并且封盖的蜜脾。
成分不同：蜂巢素的主要成分是脂肪酸、鞣质和微量元素，蜂巢蜜主要由蜂蜜和蜂巢组成。
功效不同：蜂巢素的作用主要是抗菌消炎。蜂巢蜜更侧重于作为营养保健食品食用。
价格不同：从价格上看蜂巢蜜比蜂巢素要高得多。
一、来源不同
蜂巢素是人工提取蜂巢中的有效成分精制而成，生产蜂巢素的材料是蜂巢脾（主要成分为蜂蜡），而蜂巢蜜是蜂巢完全酿制成熟并且封盖的蜜脾，即蜂巢蜜实际上连巢带蜜一起食用的，因此蜂巢素和蜂巢蜜从源头上完全不同的两种东西。
二、成分不同
蜂巢素的主要成分是脂肪酸、鞣质、甙类、氨基酸、酶类和微量元素，蜂巢蜜主要由蜂蜜和蜂巢组成，其中蜂蜜的主要成分是葡萄糖和果糖，尚且含有少量蔗糖、维生素、矿物质等成分，而蜂巢的主要成分是蜂蜡，并且含有少量花粉、蜂胶、蜂王浆等成分。
三、功效不同
蜂巢素的作用主要是抗菌消炎，因此对鼻炎、咽炎、风湿性关节炎等有一定的效果，特别是可以迅速缓解因为过敏性鼻炎引起的鼻塞、流鼻涕、头痛、头晕等不适症状，而蜂巢蜜更侧重于作为营养保健食品食用，效果主要表现在增强免疫、抗菌消炎、缓解疲劳等方面。
四、价格不同
蜂巢素的价格因规格、品牌等不同而异，一般为30~50元左右（500毫升），蜂巢蜜多为80~300元1斤，实际上不管是中蜂还是意蜂生产的蜂巢蜜都比较贵，特别是中蜂生产的蜂巢蜜几乎都在100元以上，所以从价格上看蜂巢蜜比蜂巢素要高得多。