辣椒可以用甲霜铜、瑞毒铜、腐霉利、络氨铜、波尔多液、农用链霉素等杀菌剂，具体用药方式取决于病害类型。
辣椒疫病：可喷施50%甲霜铜可湿性粉剂600倍液，每隔7-10天喷1次，连喷2-3次。
辣椒根腐病：可喷施50%瑞毒铜1000倍液，每隔7-10天喷1次，连喷2-3次。
辣椒灰霉病：可亩用250-300克15%腐霉利烟剂做熏烟处理......
一、辣椒疫病
1、发病症状
（1）染病幼苗茎基部呈水浸状软腐，致上部倒伏，多呈暗绿色，最后猝倒或立枯状死亡。
（2）定植后叶部染病，产生暗绿色病斑，叶片软腐脱落；茎染病亦产生暗绿色病斑，引起软腐或茎枝倒折，湿度大时病部可见白霉；花蕾被害迅速变褐脱落。
（3）果实发病，多从蒂部或果缝处开始，初为暗绿色水渍状不规则形病斑，很快扩展至整个果实，呈灰绿色，果肉软腐，病果失水干缩挂在枝上呈暗褐色僵果。
2、用药方法
（1）可用霜霉威、烯酰吗啉、霜脲·锰锌、乙磷铝·锰锌、甲霜·锰锌、霜霉·疫净、银法利（氟菌胺·双霉威）、普力克（霜霉威盐酸盐）等药物加叶面肥进行喷雾，每隔7天喷1次。
（2）发现中心病株时（发病初期），喷施50%甲霜铜可湿性粉剂600倍液，或58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液，或77%可杀得可湿性粉剂400倍液，或72%克露可湿性粉剂500倍液，或40%霜疫灵可湿性粉剂200倍液，每隔7-10天喷1次，连续喷施2-3次。5-6月份雨后天晴时适当喷药，可达到更好的防治效果。
（3）大棚种植时，可亩用250-300克45%百菌清烟雾剂做烟熏处理。
二、辣椒根腐病
1、发病症状
（1）主要危害辣椒根茎部及维管束。
（2）发病初期，病株的枝叶（尤其是顶部叶片）稍见萎蔫，傍晚至次日早晨恢复。
（3）发病中期，病株初期症状反复2-4天后，顶部叶片无法恢复，萎蔫症状向中下部扩散，浇水也无法减轻症状，再经2-3天，全株叶片全部娄蔫，但叶片仍呈绿色。
（4）发病后期，病株的根茎部呈淡褐色或深褐色腐烂，极易剥离，露岀木质部，可见维管束变褐色；潮湿时可见病部长出白色至粉红色黏质物，即病菌的分生孢子梗及分生孢子。
2、用药方法
（1）播种前，用55-60℃的温水浸种15分钟，再用10%磷酸三钠浸种30分钟，然后用72.2%普力克水剂600-800倍液浸种12小时，最后将种子洗净，并催芽播种，这样即可有效灭杀种子表面的细菌、病毒。
（2）发现中心病株及时拔除，然后喷施50%瑞毒铜1000倍液，或绿乳铜800-1000倍液，或50%甲霜铜500倍液，或64%瑞毒铝铜250倍液，每隔7-10天喷1次，连续喷施2-3次。
（3）在大棚内种植时，亩用45%百菌清烟雾剂250-300克（或5%百菌清粉尘剂1公斤）做烟熏处理，每隔7天左右使用1次，连续使用2-3次，这样既能防病又能降低棚内湿度。
（4）也可以用甲霜·恶霉灵＋五氯·福美双进行灌根，或用枯草芽孢杆菌＋生根剂灌根，每隔5天灌1次。
三、辣椒灰霉病
1、发病症状
（1）整个生育期均可发病，主要危害部位为叶片、茎秆、花、果实。
（2）苗期发病，初子叶顶端褪绿变黄，湿度大时呈水浸状软腐；后扩展至幼茎，幼茎变细缢缩呈棕褐色，使幼苗病茎折断或萎蔫枯死。
（3）成株期发病，初始叶外沿褪绿形成水浸状浅褐色病斑，扩展后呈圆形或椭圆形、褐色并带有浅褐色轮纹的大型病斑，湿度大时病斑上密布灰色霉层，发病末期可使整叶腐烂而死。
（4）茎秆和叶柄染病，初生水浸状不规则病斑，病部产生灰白色霉状物，病枝向下蔓延至分杈处。
（5）花器染病，花瓣呈褐色，水浸状，上密生灰色霉层。
（6）果实染病，幼果果蒂周围局部先产生水浸状褐色病斑，逐渐扩大后呈暗褐色，凹陷腐烂，表面产生不规则轮状灰色霉层。
2、用药方法
（1）可使用异菌脲、嘧霉胺、腐霉利、乙霉威、福美双、菌核净、多抗霉素、啶菌恶唑、啶酰菌胺、氟唑菌酰胺、丁子香酚等药剂进行喷雾。
（2）植株发病后，可亩用15%腐霉利烟剂250-300克做熏烟处理，每隔5-7天熏1次，连续或交替烟熏2-3次。
（3）也可以喷施70%嘧霉胺水分散粒剂1000-1500倍液，或50%氯溴异氰尿酸可溶性粉剂750-1500倍液，每隔7-10天喷1次，视病情连续喷2-3次，,这样既能防治灰霉病，又能防治各种并发症，对细菌性病害也有特效。
（4）发病初期还可以喷施70%代森联水分散粒剂600-800倍液，或50%多霉清可湿性粉剂800倍液，或50%多福疫可湿性粉剂1000倍液，或25%嘧菌酯悬浮剂1500倍液，或77%氢氧化铜可湿性粉剂800-1000倍液，或33.5%喹啉铜悬浮剂800-1000倍液，或68.75%恶唑菌酮·锰锌水分散粒剂1000-1500倍液，或64%氢铜·福美锌可湿性粉剂600-800倍液，或50%嘧菌环胺水分散粒剂800-1000倍液，或40%嘧霉·百菌清可湿性粉剂800-1200倍液，或50%腐霉·百菌清可湿性粉剂600-800倍液，每隔7-10天喷1次，连续喷施2-3次。
四、辣椒叶斑病
1、发病症状
（1）主要为害叶片，发病后叶片的正面、背面均会出现形状为近圆形至长圆形（或不规则形）的病斑，病斑的大小为2-12毫米左右。
（2）叶面的病斑一般呈浅褐色至黄褐色，湿度较大时，叶背对应部位生有致密灰黑色至近黑色绒状物，病斑的正、背两面均围以暗褐色细线圈，部分病斑的外围还会出现浅黄色的晕圈。
2、用药方法
（1）可用咪鲜胺锰盐、吡唑醚菌酯或苯醚甲环唑·嘧菌酯＋磷酸二氢钾进行喷雾，每隔7天喷1次。
（2）发病初期，喷施50%琥胶400-500倍液，每隔7-10天喷1次，连续喷施2-3次。
（3）也可以喷施72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，或硫酸链霉素4000倍液，或新植霉素4000-5000倍液，或47%加瑞农可湿性粉剂600倍液，每隔7-8天喷1次，连续喷施2-3次。
五、辣椒细菌性叶斑病
1、发病症状
（1）在田间点片发生，主要为害叶片。
（2）成株叶片发病，初呈黄绿色不规则水浸状小斑点，扩大后变为红褐色或深褐色至铁锈色，病斑膜质，大小不等。干燥时，病斑多呈红褐色。
（3）该病害的扩展速度较快，1棵植株上面有个别叶片或多数叶片发病时，植株仍可生长，严重时大部分叶片会脱落，或导致植株死亡。
（4）细菌性叶斑病的病健交界处较明显，但不隆起，有别于疮痂病。
2、用药方法
（1）播前用，用50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂（或50%敌克松可湿性粉剂）做拌种处理，药物用量为种子重量的0.3%。
（2）发病初期，喷施50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或14%络氨铜水剂300倍液，或77%可杀得可湿性微粒粉剂400-500倍液，或1：1：200波尔多液，或72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，或硫酸链霉素4000倍液，每隔7-10天喷1次，连续喷施2-3次。
六、辣椒疮痂病
1、发病症状
（1）苗期、成株期均可发病，主要为害叶片、茎蔓、果实，果柄处也可受害。
（2）幼苗发病时，子叶先出现银白色小斑点，后逐渐变为淡黑色凹陷病斑。成株期叶片受害，初呈水渍状黄绿色斑点，后病斑扩大变成圆形或不规则形，边缘暗褐色、稍隆起，中部颜色淡、凹陷，表面粗糙像疮痂。
（3）病斑发生在叶脉上，常使叶片畸形，在茎及叶柄上，初呈水渍状不规则条斑，后木栓化隆起，纵裂呈疮痂状。
（4）果实受害，初生黑色或暗褐色隆起的小斑点，或有水渍状边缘的斑疹，逐渐扩大为1-3毫米的稍隆起圆形或长圆形的黑色疮痂状病斑，病斑边缘有裂口，并有水渍环状物，潮湿时疮痂中间有菌脓液溢出。
2、用药方法
（1）发病初期，喷施20%叶枯唑可湿性粉剂600倍液，或20%龙克菌悬浮剂600倍液，或14%络氨铜水剂300倍液，或70%五氯硝基苯600倍液，或20%噻菌酮悬浮剂1000倍液，每隔5-7天喷1次，连续喷施2-3次。
（2）也可以喷施60%琥乙磷铝可湿性粉500倍液，或1：1：200倍的波尔多液，或链霉素4000倍液，或新植霉素4000倍液，或77%可杀得（氢氧化铜）可湿性粉400-500倍液，每隔7-10天喷1次，连续喷施2-3次。
七、辣椒软腐病
1、发病症状
（1）主要危害椒果，被害椒果的表面初生暗绿色水渍状斑，之后由于内部果肉腐烂，果皮呈膜状皱缩下陷，皮色亦由青绿色转呈白色近透明。
（2）随着病情的发展，病斑的颜色会由暗绿变成褐色，面积也会逐步扩大，进而导致椒果出现畸形、脱落、腐烂发臭等现象。田间较干燥时，病果脱水后变得干缩灰白，少数残留的病果会以灰白色果皮的方式悬挂在枝头上。
2、用药方法
（1）发病初期，喷施2.5%功夫乳油5000倍液，或4%高效氯氰菊酯3000-3500倍液，或5%定虫眯乳油1500倍液，或2.5%溴氰菊酯2000倍液。
（2）下雨前后，喷施12%松脂酸铜乳油1000-1500倍液，或3%中生菌素可湿性粉剂1000-1200倍液，或25%唯它灵薪可湿性粉剂4000倍液，或新植霉素4000倍液，或2%春雷霉素（加收米）液剂1500倍液，或30%王铜悬浮剂400-500倍液，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂400-500倍液，或77%冠菌铜可湿性粉剂1000倍液，或72%农用链霉素可湿性粉剂4000倍液，或60%琥铜乙铝锌可湿粉剂500倍液，或50%DT杀菌剂500倍液。
（3）上述药剂可每隔7-10天喷1次，连续喷施2-3次。
八、辣椒青枯病
1、发病症状
（1）发病初期，仅表现为最幼嫩的1片至数片叶萎蔫，最初萎蔫尚可恢复，以后趋于稳定。条件适宜时，经过2-3天便会表现为全株萎蔫。叶片从下向上变黄退绿，后期叶片呈褐色焦枯。
（2）气温偏低，空气湿度较大，或品种比较抗病时，植株的茎上常长出不定根和气生根。
（3）病茎剖面，初期导管呈黄色或淡褐色。以后逐渐变成深褐色，植株完全萎蔫时，髓部和皮层组织也变褐色，严重时茎的外表皮，形成水渍状病斑或粗糙不平。
（4）横剖开茎，可见污白色至黄白色菌脓从维管组织中溢出。果实被害时表面正常，但内部组织会变为褐色，后期病果呈水渍状，果柄基部产生离层，病果易脱落。植株根部可表现为局部或整个根系均变褐色。
2、用药方法
（1）发病初期，用20%噻菌铜悬浮剂（龙克菌）龙克菌300-400倍液，或6%春雷霉素可湿性粉剂300-400倍液，或72%新植霉素粉剂3000-4000倍液，或72%农用硫酸链霉素水溶性粉剂3000-4000倍液进行进行灌根，灌药量为200克左右/株，每隔7-10天灌1次，连灌2-3次。
（2）也可以用72.2%霜霉威水剂800-1000倍液，或30%DT可湿性粉剂600倍液浇根，用量为200克左右/株，每隔7-10天浇1次，连浇2-3次。