作物育种方法与作物的繁殖方式有密切关系。有性繁殖作物基本上可分为天然异交率小于4%的自交（自花传粉）作物和天然异交率大于50%的异交（异花传粉）作物两大类（表1）。介于两者之间的常异交作物，因其适用的育种原理和方法与自交作物基本相同，故在育种上常被归入自交作物一类。但具有相同繁殖方式的作物，因花器构造和开花习性不同，所能采用的育种方法也常有差别。
首先要了解该作物相关的遗传特性和品种特征，确定自己的育种目标。针对育种性状目标收集或引进资源材料，再根据目标性状的遗传规律，选配亲本，即父母本，在花期去雄隔离，开展雌雄花器官杂交工作，在种子成熟后，到种子。作物育种上常用的方法有：杂交育种、单倍体育种、多倍体育种、基因工程育种、诱变育种。