预防为主，综合防治相结合。
1、选用抗病品种：如兴城紫圆茄、贵州冬茄、通选1号、济南早小长茄、竹丝茄、辽茄3号、丰研11号、青选4号、老来黑等。2、种子消毒：播种前对种子进行消毒处理，如用50℃～55℃的温水浸种7～8分钟后播种，可大大减轻绵疫病的发生。3、采用穴盘育苗：可采用288孔六盘，一穴一粒种子，养分充足，根系发达，定植时不伤根或少伤根，增强了抗病性，减少了染病机会。
防治茄子疫病可以使用代森锰锌、代森锌、百菌清、嘧菌脂、氧化亚铜、多抗霉素、嘧啶核苷酸类抗生素、丙森锌、氧化亚铜、异菌脲、嘧菌脂、苯醚甲环唑、乙磷铝、乙蒜素等交替喷雾防治。
选择抗病品种，合理密植，科学管理如施肥、浇水等，发病初期用杀菌剂如百菌清、乙蒜素或代森锰锌等喷雾防治。