可选用40%氧化乐果进行防治。
苹果棉蚜为害，树干初期逐渐隆起形成瘤状凸起，后破裂形成大小深浅不一的畸形伤口；根部受害后肿瘤密集，不能再生新的吸收根，致使根系腐烂，严重阻碍水分、养分的吸收、输导而导致树势衰弱，影响花芽形成和果品产量；幼树受害后树势衰弱而延缓结果，甚至死亡。
防治方法1、加强植物检疫严禁从发生苹果棉蚜疫区调进苗木、接穗，加强果品市场的检疫监督，严把产地检疫及调运检疫关。新栽植苹果区苗木接穗要严格检查，防止随苗木、接穗带入新区。
2、合理修剪剪除病虫枝、刮除虫疤、增施有机肥、复壮树势、增强其抗病虫能力。3、人工防治休眠期的冬季和早春，用刀刮或刷子刷，以消灭越冬的1—2龄若虫。
苹果棉蚜防治方法有农业防治、物理防治、化学防治、生物防治等。
4、根部施药用40%氧化乐果1000倍液或50%抗蚜威3000倍液灌根(灌根量视果树大小而定，一般以水渗透到根系部位为佳)，亦可根施10%吡虫啉可湿性粉剂2000倍液(5—6月和9—10月棉蚜发生高峰期施)或5%涕灭威颗粒剂200—250克／株(4月中旬或10月上中旬施药)，可有效杀死寄生在根部的棉蚜，灌前先将根部周围的泥土刨开，灌后覆土，都有较好的防治效果。
5、枝干涂药在苹果树主干或主枝上，用刀具浅刮6cm宽的皮环，用毛刷把10%吡虫啉(一遍净、蚜虱净)30—50倍液用毛刷涂抹药液，每株树涂药液5毫升，涂药后用塑料布包好，或用脱脂棉蘸药液60ml均匀铺在刮皮部，然后在药棉外围包扎塑料布。4月中旬在树干上环状涂10%吡虫啉50—100倍液或40%蚜灭多5倍液。
7、注意保护利用自然天敌已知苹果棉蚜的天敌有蚜小蜂、七星瓢虫、龟纹瓢虫、异色瓢虫、各类草蛉和食蚜虻等，其中蚜小蜂发生期长，繁殖快，控制能力强，如在9月中旬最高寄生率65%。为保护利用这些天敌，喷药时要尽量选择毒性小的药剂如10%吡虫啉、20%果虫净或20%好年冬等，在天敌活动量少时喷药。