留种要在外轮花瓣开始干枯，中轮花瓣开始失色时进行，剪下花头，晒干去杂、贮存。百日草花期长，后期植株会长势衰退，茎叶杂乱，花变小。所以秋季花坛用花应在夏季重新播种，并摘心1-2次。扦插繁殖可在6月中旬后进行，剪侧枝扦插，遮荫防雨。
播种前，土壤和种子要经过严格的消毒处理，以防生长期出现病虫害。播种在4月上旬至6月下旬均可，种子消毒用1%高锰酸钾液浸种30分钟，基质用腐叶土2份、河沙1份、泥炭2份、珍珠岩2份混合配制而成，可用0。05%高锰酸钾或1000倍甲醛消毒，土壤可采用高温熏蒸法，杀死其中的病菌、害虫及草种。
播前基质湿润后点播，百日草为嫌光性花种，播种后须覆盖一层蛭石。在21～23℃温度时，3～5天即可发芽，发芽期不需要光照，发芽后苗床保持50%～60%的含水量，不能太湿，以免烂根或发生猝倒病。