南方水稻黑条矮缩病是一种由白背飞虱传毒的病毒病，危害重、损失大，防治难度大，水稻前期是稻株最易感病时期，尤以中、晚稻发病严重，因此要从几个方面做好防控。
1、选用抗（耐）病品种、组合。
2、药剂浸种或拌种。浸种时，用强氯精或使百克消毒。先将稻种用清水预浸12小时（杂交稻种预浸6～8小时，常规稻种预浸12小时），捞起滴干水后，再放入300～400倍85%强氯精药液消毒12小时，捞起用清水洗净后催芽；或用25%使百克2500倍药液浸种消毒12～24小时，然后捞起（可不清洗）直接催芽。种子催芽露白后，用10％吡虫啉可湿性粉剂15～20g先与少量细土或谷糠拌匀，再均匀拌1kg(以干种子计重)种子，即可播种。（此法也可预防稻瘟病、恶苗病、细菌性条斑病、稻曲病、黑粉病等多种水稻病害。）
3、防虫网全程育秧。水稻播种后用20～40目防虫网或15～20克/㎡的无纺布全程覆盖育秧，防止秧苗期传毒媒介传播病毒。
4、抓好秧田期稻飞虱、叶蝉的防治工作。在秧苗2～7叶期，做好稻飞虱、叶蝉防治，秧田每隔5～10天防治1次，秧苗插（抛）前5-7天与防治其他病虫一起喷施“送嫁药”。防治药剂轮换选择吡虫啉、噻嗪酮、吡蚜酮等。
5、大田防治措施：移栽到大田后7—10天用药防治1次，10天后再用药1次，可选择用噻嗪酮、醚菊酯、吡虫啉、吡蚜酮等药剂。田间发现感病植株，要及时拔除或踩入泥中，并从健株上掰蘖补苗。对已经发病的田块，在发病初期及时用抗病毒制剂宁南霉素、病毒A等加入叶面肥和杀稻飞虱的药剂中混合喷施。
6、其他水稻秧田病虫害防控措施。防治稻瘿蚊在晚稻秧“一叶一针”期和大田移植后5-7天，亩用10%益舒宝或益舒丰1.5公斤，混细土15公斤撒施，田间保持浅水层7天左右；防治三化螟采用人工摘除卵块，在蚁螟孵化盛期喷药防治；防治苗瘟可加强监测，在发病初期及时施药防治；防治福寿螺可采用人工摘除卵块、捡拾成螺、放鸭吃螺等方法，也可用杀螺剂防治；防治杂草可用除草剂进行播种前苗床处理或播秧后水稻1-2叶期施用除草剂；防治鼠害用敌鼠钠盐或杀鼠醚配置饵剂，用“毒饵站”控鼠技术进行防控。