对未结果的幼树施肥，目的是促进树冠尽快长大，使之尽早投产。但应注意防止过量施肥而出现营养过剩的徒长现象，以免迟迟不开花结果。幼树施肥，要掌握勤施、薄施的原则，幼年果树一年主要施肥三次：
第一次肥在2月中旬即花前肥，占全年的25%，每亩应施农家肥800～1600公斤、尿素8公斤、过磷酸钙8～16公斤、复合肥8～16公斤。
第二次肥在6月底至7月初，占全年的50%，每亩应施农家肥1600～3200公斤、尿素16公斤、过磷酸钙16～32公斤、复合肥8～10公斤。
第三次肥在8月底至9月初，占全年的25%，每亩应施农家肥800～1600公斤、尿素8公斤、过磷酸钙8～16公斤、复合肥8～16公斤。
盆栽种植的话植株在萌芽前施一次腐熟液肥，以后每7～10天施一次以氮肥为主的液肥，促使多长枝叶、多发春梢。每次摘心后，要及时施肥，促使枝条提早老熟。柠檬生长期间，可在盆面撒一些饼肥，使每次浇水都有一些肥料渗入土中，增强肥力。入秋后，施肥减少，避免植株营养过剩、促发秋梢，与果实争夺养分而造成落果。