大豆花叶病毒通过种子传播。田间最初的病毒来自带病毒种子，带病种子长成病苗。病苗的病毒通过田间有翅蚜虫进行传播扩散。
发病初期蚜虫1次传播范围在2m以内，5m以外很少，蚜虫进入发生高峰期传毒距离增加。生产上使用了带毒率高的豆种，且介体蚜虫发生早、数量大，植株被侵染早，品种抗病性不高，播种晚时，该病易流行。
通过种子传播，带病毒的种子长成豆苗，通过蚜虫进行传播，所以选择优良的种子和蚜虫的防治。
东北等一季作地区及南方大豆栽培区，种子带毒在田间形成病苗是该病初侵染来源，长江流域该毒原可在蚕豆、豌豆、紫云英等冬季作物上越冬，也是初侵染源。该病的再侵染系由桃蚜、豆蚜、大豆蚜等30多种蚜虫传毒完成，上述3种蚜虫传毒率为30%～50%。