防治腐烂病应采取综合防治措施，从强壮树势做起，肥水等环节都得跟上。
果农应根据树体的生长状况和施肥水平，确定合适的结果量。不要让树体负担过重，要适当疏花蔬果，做到结果、长树两不误。果农在施肥中，要注意施用有机肥，注意增施磷肥、钾肥和微量元素肥料；不偏施氮肥，尤其是秋季施肥时忌偏施氮肥。同时，果农应及时防治造成早期落叶的病虫害，如苹果叶枯病、早期斑点落叶病，桃细菌性穿孔病、核桃炭疽病以及红蜘蛛、蚜虫、各类食心虫、卷心蛾等。还要注意防治各种根部病害，尤其要注意根癌病的预防和治疗。彻底防治枝干害虫如吉丁虫、天牛等。
此外，果农还要注意保护伤口。修剪时较大的锯口要削平，然后涂抹果树伤口愈合剂等保护。一方面，要避免、减少枝干的伤口，另一方面，要对已有的伤口进行保护，促进愈合。
在防止冻害和日灼上，应当注意，果树枝干的向阳昼夜温差较大，容易遭受冻害，如果阳面树干没有叶片覆盖，夏季容易因日晒而死皮。因此，修剪时要适当留枝遮挡树干。防止冻害比较有效的措施，一是树干涂白，降低昼夜温差，涂白要求在落叶后进行；二是树干捆草，遮盖防冻；三是冬季来临前浇风冻水，减轻冻害的发生。
治疗病斑可采取刮树和夏季药剂治疗的方式。在果树发芽前刮去翘起的树皮及坏死的组织，刮除的病死的树皮和剪下的病枝要及时带到园外烧毁或深埋。