纹枯病一般从叶鞘开始，从下往上发展，从叶鞘和叶片接着发病，水稻纹枯病症状像开水烫过一样，最后会变成云斑状，纹枯病可以侵入穗部，变成灰褐色，造成穗粒千粒重下降，穗子干枯。水稻高温高湿下水稻纹枯病发生多，纹枯病发生严重会影响光合作用，造成籽粒不饱满，最后将造成水稻减产，在分蘖期发生较多，特别是一些氮肥施用过多的田块，更容易发生纹枯病。
水稻纹枯病发病症状为：水稻纹枯病病斑初期呈暗绿色，边缘有不清晰的斑点，并逐渐扩大成椭圆斑，边缘呈淡褐色，多块小病斑连在一起发展成不规则的云纹状大斑，病斑中部呈灰绿色或褐色，湿度低时，中部呈淡黄色或灰白色，边缘暗褐色；叶片和叶鞘病斑基本相似，叶片发病后容易腐烂。
叶鞘染病在近水面处产生暗绿色水浸状边缘模糊小斑，后渐扩大呈椭圆形或云纹形，中部呈灰绿或灰褐色，湿度低时中部呈淡黄或灰白色，中部组织破坏呈半透明状；边缘暗褐。发病严重时数个病斑融合形成大病斑，呈不规则状云纹斑，常致叶片发黄枯死。叶片染病病斑也呈云纹状，边缘褪黄，发病快时病斑呈污绿色，叶片很快腐烂，茎秆受害症状似叶片，后期呈黄褐色，易折。穗颈部受害初为污绿色，后变灰褐，常不能抽穗，抽穗的秕谷较多，千粒重下降。湿度大时，病部长出白色网状菌丝，后汇聚成白色菌丝团，形成菌核，菌核深褐色，易脱落。高温条件下病斑上产生一层白色粉霉层即病菌的担子和担孢子。
叶鞘染病在近水面处产生暗绿色水浸状边缘模糊小斑，后渐扩大呈椭圆形或云纹形，中部呈灰绿或灰褐色，湿度低时中部呈淡黄或灰白色，中部组织破坏呈半透明状，边缘暗褐。发病严重时数个病斑融合形成大病斑，呈不规则状云纹斑，常致叶片发黄枯死。叶片染病病斑也呈云纹状，边缘褪黄，发病快时病斑呈污绿色，叶片很快腐烂，茎秆受害症状似叶片，后期呈黄褐色，易折。穗颈部受害初为污绿色，后变灰褐，常不能抽穗，抽穗的秕谷较多，千粒重下降。