出苗差的原因多方面，主要由种子质量差，种子发芽率低，秧盘土处理不当等造成。
机插育秧过程常出现种子出苗不整齐，形成大小苗的现象。主要原因可能是种子播种前未进行选种，导致催芽不一致；另外，播种覆土时，盖土不匀，土厚的地方易造成焖种，导致局部出苗慢，生长滞后；覆膜期间遇雨水后未能及时清除膜面积水，影响秧苗生长；秧板不平，致使板面土壤水分不均匀，局部秧苗处于水分胁迫状态，生长缓慢。
水稻插秧后返青慢分蘖差主要是插秧过深或耙田没稍沉实马上插秧引起坐苗而产生。
土壤粘糊，通气差，播种过深。田面整理不平，成片积水，播后淹水时间较久。
主要是秧苗素质差和大田水过浅等造成的。
多方面原因：秧苗质量差、大田未及时施返青攻蘖肥、田间水过深或缺水干旱、受到病虫为害和秸秆还田未充分腐熟发热影响等等。
这种情况是多方面原因：秧苗质量差、大田未及时施返青攻蘖肥、田间水过深或缺水干旱、受到病虫危害和秸秆还田未充分腐熟发热影响等等。
水稻出苗差的原因有很多，主要是种子质量差，种子发芽率低，秧盘土处理不得当造成的。还有可能是大棚温差大。湿度没有掌握好。
育苗后的温度，水分，覆土的适当，受药害等都是影响出苗的因素。