1、药剂拌种。在根腐病发生较重的地区，应采用含杀菌剂的种衣剂进行玉米种子包衣处理，或在播种前用杀菌剂拌种。2、药剂灌根。用70%甲基托布津800-1000倍液灌根。3、药剂喷雾。用50%多菌灵或70%甲基托布津500-800倍+生长调节剂喷浇茎基部或用根腐灵300倍或立菌康60g兑水30㎏喷施。4、杀卵菌药剂。对于腐霉菌根腐病，则应选择杀卵菌药剂，如58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂、64%杀毒矾可湿性粉剂、绿亨1号拌种剂等药剂以种子重量的0.4%拌种。
玉米根腐严重区域可以采用含杀菌剂的种衣剂进行玉米种子包衣处理，同时可使用70%甲基托布津800-1000倍液对玉米地进行灌根。或者可以用50%多菌灵或者70%甲基托布津500-800倍加生长调节剂来喷浇玉米茎的基部。而对于腐霉菌根腐病，可选择杀卵菌药剂，如58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂达到防治效果。
在根腐病发生较重的地区，应采用含杀菌剂的种衣剂进行玉米种子包衣处理，或在播种前用杀菌剂拌种。