水稻纹枯病在发病初期可以选用已唑醇、戍唑醇等杀菌剂进行喷施防治，并在种植中要加强管理，保持植株间良好的通风和通透性，并在抽穗前后使用恶霉灵进行预防。水稻纹枯病用井冈霉素或井冈腊蚜菌进行喷施防治效果比较好。
水稻纹枯病用肟菌.戊唑醇、苯甲.丙环唑、啶氧.丙环唑、苯甲.嘧菌酯等农药防治效果好。
选用5%井冈霉素水剂每亩0.2干克兑水50千克喷雾，连喷2-3次。
水稻纹枯病用三环.氟环唑防治效果较好。
水稻纹枯病发病初期，每亩使用10%己唑醇40毫升、营养叶面肥粒粒宝30毫升，兑水20-30公斤喷施，防治效果明显；。水稻纹枯病发病中后期，每亩使用10%己唑醇55毫升、营养叶面肥粒粒宝30毫升，兑水30-40公斤，于早晨露水未干时喷施水稻下部，可有效预防和控制水稻纹枯病的发生。
水稻纹枯病防治药剂有：井冈霉素、井冈.蜡芽菌、已唑醇、苯甲.丙环唑、肟菌.戊唑醇等。
肟菌·戍唑醇，苯甲·丙环唑，噻呋酰胺。