谷子锈病可危害叶片和叶鞘，但在叶片上发生更加严重。发病初期在叶片两面，特别是背面产生红褐色夏孢子堆。夏孢子堆稍隆起，圆形或椭圆形，约1毫米，成熟后突破表皮而外露，周围残留表皮。严重时造成叶片枯死，茎秆柔软，籽粒秕瘦，遇风雨易倒伏，甚至造成绝产。高温多雨有利于病害发生，7～8月的降水量是决定当年锈病流行程度的关键因素，降雨多，发病重，干旱年份发病轻。低洼地和氮肥使用过多、密度过大田块发病重。谷子品种间抗病性差异明显。
首先地势低洼、植株过密、施用氮肥过多的田块，发病重。其次谷子品种间抗病性差异明显差。再次有菌源越冬对作物危害大。