香蕉花叶心腐病在5至6月份发病严重，属于全株性病害，会影响结实，要引起重视。在防治工作中，要及时防治蚜虫，并将病株挖除，再用除草剂草甘磷注入假茎中乾地防治。
严格选择无病蕉苗，大力推广试管苗，是最重要的防治方法。必须要选择当地无病或极少病的蕉园取苗，挖苗前，要仔细对母株进行全面检查。但由于该病潜伏期长，有的母株及吸芽感病后还未表现症状，有可能挖取病苗。
1、选用优良香蕉苗，不从病害区引进种苗。2、在香蕉园内及附近不宜种瓜类、豆类、茄科等蔬菜。3、在香蕉园发现有香蕉花叶心腐病病株时，应立即将整丛蕉株连同吸芽和蕉根彻底挖除，见一株挖一株，集中销毁，用普乐等杀虫剂喷杀交脉蚜，彻底消灭传毒媒介。