大豆立枯病仅在苗期发生，幼苗和幼株主根及近地面茎基部出现红褐色稍凹陷的病斑，皮层开裂呈溃疡状，病菌的菌丝最初无色，以后逐渐变为褐色。病害严重时，外形矮小，生育迟缓，靠地面的茎赤褐色，皮层开裂，呈溃疡状。
大豆立枯病的危害症状表现：发病时幼苗主根及近地面茎基部出现红褐色稍凹陷的病斑，后变赤褐色。病部皮层开裂呈溃疡状，病菌的菌丝最初无色，以后逐渐变为褐色。病害严重时，病部缢缩，植株折倒枯死；轻病株仍缓慢生长，但地上部分矮黄，茎基部有的缢缩，有的皮层开裂。大豆结荚期，95%以上大豆无荚，植株严重矮缩，高度不超过25cm。
大豆立枯病发病初期病斑多为椭圆形或不规则形，呈暗褐色，病部逐渐凹陷、溢缩，后变为黑褐色等。
大豆立枯病主要为害幼苗的茎基部或地下根部，发病初为病斑多为椭圆形或不规则形状，呈暗褐色，发病幼苗在早期是呈现白天萎蔫，夜间恢复的状态，并且病部逐渐凹陷、溢缩，甚至逐渐变为黑褐色，当病斑扩大绕茎一周时，整个植株会干枯死亡，但仍不倒伏。发病比较轻的植株仅出现褐色的凹陷病斑而不枯死。当苗床的湿度比较大时，病部可见不甚明显的淡褐色蛛丝状霉。从立枯病不产生絮状白霉、不倒伏且病程进展慢，可区别于猝倒病。
苗期发病后，主根或近地面茎部出现红褐色凹陷病斑皮层开裂呈溃疡状。