1、轮作倒茬。娃娃菜软腐病病菌存在于土壤当中，病菌在土壤中可存活4、5年之久，连茬种植病菌在土壤中越积越多，发病就严重，因此轮作倒茬是能从根本上解决娃娃菜软腐病为害最有效的途径之一。娃娃菜、甘兰、花椰菜都属于十字花科作物，许多病害可以相互传染，倒茬要和番瓜、芹菜、洋芋等其它科类作物进行。
2、提早喷药预防：从幼苗期开始叶面喷雾72%农用链霉素可湿性粉剂4000倍液，或100万单位新植霉素可湿性粉剂4000倍液，或3%中生菌素可湿性粉剂600倍液等药剂进行预防，特别是在连续低温阴雨天气、害虫发生严重的情况下更应喷药预防。
3、发病后拔除病株和进行药液灌根：将发病严重、已失去商品价值的病株拔除，并带到地外较远的地方深埋，减少传染源，并在病株穴内撒生石灰或用1％硫酸铜进行定植穴土壤消毒。发病后用72％农用链霉素可湿性粉剂4000倍，或77%氢氧化铜可湿性粉剂400倍，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或20％叶枯唑可湿性粉剂600倍液叶面喷雾，菜大封垄后要将喷雾器喷头插到菜空里，对菜帮和根颈部喷药。