1、选择抗病品种，轮作。2、种子处理：播前用2.5%咯菌腈悬浮剂按种子量的0.2％拌种或用6%戊唑醇湿拌种剂按种子量的0.3%拌种。3、药剂防治：病株率达到5%时，可用12.5％烯唑醇可湿性粉剂800～1000倍液，5%井冈霉素水剂600倍液，15%粉锈宁可湿性粉剂600倍液，40％菌核净可湿性粉剂1000～1500倍液针对谷子茎基部喷雾防治，7～10天后酌情补防一次。
选用高效、低毒、环保型农药，精准施药，合理施肥，提高植物抗逆性；应用性诱剂诱捕害虫，降低害虫基数，逐步实现了农药减量、农产品增收的效果。
谷子纹枯病与环境中的温度和湿度有关，因此在种植时宜使用抗病品种适期晚播，加强栽培管理，改善通风透光条件。发病时使用可湿性纹枯灵或井岗霉素进行喷雾防治。