1）疫腐菌在病残体的土壤中越冬，所以清除病残体，及时清理落地果实并摘除树上病果、病叶集中深埋，是一项重要的防病措施。（2）由于疫腐病菌是以雨水飞溅为主要传播方式，所以果实越靠近地面越易受侵染而发病，以距地60厘米以下的果实发病最多，一般最高不超过1.5米，适当采取提高结果部位和地面铺草等方法，可避免侵染减轻为害。（3）改善果园生态环境，排除积水，降低湿度，树冠通风透光可有力地控制病害。
在苹果落花后至套袋前喷药防治，重点是1.5m以下高度的果实，可使用50%烯酰吗啉2500~3000倍液，或69%烯酰锰锌72%甲霜锰锌，间隔7~10天再喷1次。