牛球虫病的防治方法为：（1）病牛可用药物治疗：磺胺药如磺胺二甲基嘧啶（SM2）、磺胺六甲氧嘧啶、磺胺喹恶啉（SQ）等均可抑制球虫病的发展。如磺胺二甲基嘧啶，犊牛每千克体重100毫克，每日口服，连用2天；氨丙啉每千克体重20～25毫克，每日口服，连服4～5天。病重的犊牛，除用上述药物外，还必须采取对症疗法，如输液、补糖、强心等。（2）在球虫病流行季节，应以药物进行预防。如氯丙啉以每千克体重5毫克，每日口服，连用21天；莫能菌素，每千克体重1毫克混合于饲料内服用，连用几天。
牛球虫病预防应从以下四方面着手：①犊牛与成年牛分群饲养，以免球虫卵囊污染犊牛的饲料；②舍饲牛的粪便和垫草需集中消毒或生物热堆肥发酵，在发病时可用1%克辽林对牛舍、饲楕消毒，每周一次；③被粪便污染的母牛乳房在哺乳前要清洗干净；④添加药物预防，如氨丙啉，按O．004%一0．008%的浓度添加于饲料或饮水中；或摩能霉素按每千克饲料添加0．3克，既能预防球虫又能提高饲料报酬。牛球虫病治疗可选用：①氨丙啉，按每千克体重20~50毫克，一次内服，连用5—6天；②呋喃唑酮，每千克体重7—10毫克内服，连用7天；③盐霉素，每天每千克体重2毫克，连用7天。[1]。牛球虫病首选药：莫能菌素、氨丙啉、磺胺二甲嘧啶。