黄花菜种子发芽率低，播前应先行浸种催芽。先用25℃温水浸泡24小时，置于20～25℃条件下催芽，待种子"露白"时播种。苗床做成平畦，播种行距15～20厘米，开沟深3厘米，撤种后覆土2～3厘米。出苗前要经常浇水。
黄花菜的根系一般从短缩根状的茎节处发生，众多的不定根丛生在地下30-60cm的土壤中，有非常强的吸收营养的能力，抗逆性非常强，易于成活。
在花开后10~60min进行人工授粉。黄花菜受精的适宜温度为28~32℃，相对湿度为53%~82%。为防止天然杂交“串花”，可用线扎住花蕾。但不宜套袋，以免袋内温度过高。为了提高坐果率，还可从开花前2天起，每隔7~10d用0.1%的硼砂，或1：300倍液的磷酸二氢钾，或2%过磷酸钙，或1%尿素和氯化钾等水溶液做叶面喷施，直至最后一批蒴果坐果后20天为止。黄花菜以主花序顶端分枝及第二分枝的结果率最高。从节位看，第一和第二果节的结果率最高。为此，对于第一至第四个分枝，可以保留1~4果节上的花蕾，主花序顶端分枝可保留第一和第二果节上的花蕾，其余的花蕾应疏掉，使养分集中于果实和籽粒。