大棚蔬菜与一般菜田、大田施肥虽有相同之处，但要求技术更严。须注意如下几点：
要增施有机肥：有机肥不仅能改良土壤，提供养料。而且，在分解和被利用中，能产生二氧化碳，积聚在大棚内，可为蔬菜增施“气肥”，有利提高蔬菜光合作用，促进蔬菜增产。
有机肥要腐熟后施用：因为新鲜的猪牛栏粪、人粪尿、绿肥和农作物秸秆等，施后在腐烂过程中，会产生大量有机酸、氨气、硫化氢、氮氧化合物等。不仅危害蔬菜根系，而且逸出土壤的氨气、氮氧化合物等，积聚在大棚内，会给蔬菜造成毒害。研究发现：大棚内空气中氨的含量如果达到5ppm，亚硝酸气达到2.5至3ppm，蔬菜就会遭受危害。
要因土施肥：常用的氯化钾、硫酸钾、氯化铵、硫酸铵等，施入土壤后，离解出硫酸根离子、氯离子等被吸收利用很少，在一般菜地、大田施用时，会随水淋失，减轻弊害。但在大棚内，常被积聚在土壤中，加重酸性土壤的酸化，故酸性土壤不宜施用，可施在碱性土壤上，而钙镁磷肥、石灰氮等不宜在碱性土壤上施用，可施用在酸性土壤上。一般大棚蔬菜以施用尿素、碳铵、磷酸二铵、硝酸钾、硝酸铵等低毒、无残留的化肥为宜。施尿素、碳铵也有给大棚蔬菜增施“气肥”的作用。
化肥要注意深施：氮素化肥深施可加大土壤胶体对氮肥的吸附能力，避免（减轻）因浅施造成氮肥直接挥发、或利用中因分解、受细菌作用，产生出的氨气、氮氧化合物，积聚在大棚内，影响蔬菜生产发育。深施的方法：基肥可施在畦面，翻土时埋入土壤中、下层。追肥应尽可能采用开沟，把肥兑水施入沟，然后覆土。
施肥不当危害：大棚蔬菜如施肥不当，造成毒害多发生在施后四至七天内，应留心观察，及时通风透气。对于叶面施肥的，也要做好适时通风，以防棚内湿度过大，对蔬菜不利和加重病害。