由于玉米秸秆粉碎质量不高深翻还田宜造成土悬空不利于下茬作物种植。
需要大量大型旋耕机，投入大。
主要是农户地块分散，深翻之后垅头不好分。
动力投入大、需要配施相应化肥、增产效益又不太明显。
作业费用投入大、需要配施相应化肥、经济效益增加不明显、农民认识不足。
腐熟需时较长，耕作费时费力，下茬作物苗期生长缓慢，有时出现烧根，施肥种类及量不易掌握。
本地区属于干旱区域，秸秆不进行焚烧，影响整地、施肥、播种，直接影响出苗和全苗。存在问题:1，成本高;2，土壤湿度小温度低，不能在冬季和开春整地前腐烂;3，秸秆携带的病菌虫危害下季作物;4，会出现一些原苗，增加成本和减产。
主要是受需要大型农机具少土地零散等因素。
主要是秸秆量过大，深翻质量不过关的话，秸秆全部还田，影响下年播种出苗。
主要是大型农业机具少，各家各户土地零散不集中。