大葱紫斑病的防治方法主要有选用无病种子，播种前进行种植消毒；与非葱蒜蔬菜实行二年以上轮作；加强田间管理，促进植株生长健壮，增强寄主抗病力；发病初期及时喷洒合适的化学药剂防病；适时收获，低温贮藏等。
发病初期及时喷洒75%百菌清可湿性粉剂500～600倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂500倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液，或70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或40%灭菌丹可湿性粉剂400倍液，或50%敌菌灵可湿性粉剂500倍液，隔7～10天1次，连续防治3～4次。